حذَّر المركز المصرى لحقوق الإنسان من دخول المجتمع إلى شبح الحرب الأهلية، نظير حملات التخوين والتشكيك التى تقوم بها بعض الجماعات والحركات السياسية ضد بعضها البعض، وأن استمرار هذه الحملات يُنذر بنشوب حرب أهلية بين مختلف القوى السياسية ووقيعة بين الشعب والقوات المسلحة، وإسقاط كل المكتسبات التى حققتها ثورة يناير حتى الآن، مطالبًا بإعادة هيكلة المرحلة الراهنة بما يتناسب مع طموحات الشعب المصري.

وأكد المركز أن المجلس الأعلى للقوات المسلحة مسئول بشكل كامل عن إدارة المرحلة الانتقالية، ولكنه لم يكشف عن خارطة طريق توضح مستقبل مصر وفق جدول زمنى محدد، وكل ما يقال منذ سقوط النظام السابق تصريحات لا أكثر وتقابلها تحركات غير مدروسة، وهو ما قد يتسبب فى نفاذ الثقة بين الشعب والقوات المسلحة، والتى تعد الملاذ الآمن حتى الآن ودرع الاستقرار للوطن.

 ووجه المركز للمجلس العسكرى اتهامًا باتباع نفس أسلوب النظام السابق فى إصدار البيانات ضد مُعارضيه، وهى لغة لا يفضلها ثوار هذا المجتمع، لأنهم لم يسقطوا النظام السابق حتى يجدوا نظامًا آخر يتبع نفس المنهج ونفس الطرق فى المعاملة، مطالبًا بتشكيل مجلس رئاسى أو مجلس وطنى يعمل على توحيد الصفوف والتوافق بين القوى السياسية من أجل المرور من المرحلة الراهنة، ويساعد المجلس العسكرى على تحقيق التحول الديمقراطى، وعلى المجلس العسكرى أن يستعين بمن هو جدير بحل مشكلات المرحلة الراهنة، لأن انفراد المجلس العسكرى بالأمر وحده قد يؤدى به إلى مزيد من الأخطاء تعمل على هز ثقة الشارع المصرى به، ومن ثم تنتقل البلاد إلى مرحلة أكثر خطورة وربما تتبعها خطوات قاسية تؤثر على المجتمع وربما لا ينجو منها قبل سنوات، وحالة العراق وليبيا ظاهرة وبقوة.

وأهاب المركز بكل أعضاء المجلس العسكرى بعدم التسرع فى تخوين أى قوى سياسية حفاظًا على وحدة المجتمع وترابطه، وضرورة الحوار المشترك بين كل القوى السياسية لتحقيق الحد الأدنى من الاتفاق نحو إدارة المرحلة الانتقالية والوصول إلى دولة مدنية حديثة أساسها سيادة القانون واحترام حقوق الإنسان، وأن المسئولية الملقاة على المجلس تتطلب اعتذاره عما قام به تجاه الثوار، وأدى إلى هذا الاحتقان والتشكيك بين القوى السياسية.