احال المستشار حسن سمير قاضي التحقيق المنتدب من وزير العدل المصري، كل من الرئيس العزول محمد مرسي و132 آخرين من قيادات جماعة الإخوان وتنظيم حزب الله وحركة حماس الفلسطينية، إلى محكمة الجنايات، وذلك على ذمة القضية المعروفة إعلاميًا بقضية "الهروب من سجن وادي النطرون"، واقتحام السجون وخطف وقتل الجنود وضباط الشرطة فى رفح. وتضمن قرار الإحالة الصادر يوم 21 ديسمبر/كانون الأول أن من بين الـ132 متهما المحالين للجنايات، 68 عنصرا بحركة "حماس" أبرزهم أيمن أحمد عبد الله نوفل، ومحمدالهادى، ومن بين عناصر "حزب الله" سامي شهاب، بالإضافة إلى رمزي موافي، أمير تنظيم القاعدة في شبه جزيرة سيناء، وآخرين. كما تضمن قرار الإحالة، محمد سعد الكتاتني، رئيس مجلس الشعب المنحل، ويوسف القرضاوي رئيس ما يسمى الاتحاد العالمي لعلماء المسلمين، ومحيي حامد، مستشار الرئيس السابق، وسعد الحسينى، محافظ كفر الشيخ السابق، وصبحى صالح وعصام العريان القياديين بالإخوان.

ويواجه مرسي والبقية اتهامات بالاشتراك مع "حزب الله" وحركة "حماس" وجيش الإسلام الفلسطيني والحركات الجهادية والتكفيرية بشبه جزيرة سيناء، لإشاعة الفوضى في البلاد والإتلاف عمدا لمنشآت عامة منها سجون وادي النطرون وأبو زعبل والمرج وأقسام الشرطة، والاشترك عمدا عن طريق الاتفاق والاشتراك والمساعدة في تهريب 11161 سجينا من العناصر الخطرة والمسجلين بهدف إشاعة الفوضى في البلاد، ما ترتب عليه مقتل وإصابة العشرات من سجناء وضباط وأفراد الشرطة.

وكشفت التحقيقات أن الأجهزة الأمنية المصرية ومنها جهاز المخابرات والأمن الوطني رصدت اتصالات تمت بين بدو من سيناء وقيادات بجماعة الإخوان، وتسللت مئات العناصر الأجنبية من حماس وحزب الله والقسام، إلى البلاد في نهاية شهر يناير عام 2011 وانضموا إلى عناصر من البدو، واعتدوا على جميع النقاط الأمنية للشرطة والجيش.

ووصف عضو اللجنة الإعلامية في حزب "الحرية والعدالة" إسلام توفيق في حديث صحفى  التهم الموجهة بحق محمد مرسي والقيادات الإخوانية بأنها "ملفقة وسياسية"، مشيرا إلى أن الهدف منها هو "تشويه صورة الرئيس محمد مرسي وقيادات الإخوان المسلمين والتيار الإسلامي في مصر". واستغرب توفيق أن التهم تضم التخابر مع الجهتين السنية والشيعية في آن واحد.